公元4世紀(jì)，東晉的葛洪在《肘后備急方》中記載將糞便懸液治療食物中毒或嚴(yán)重腹瀉：“飲糞汁一升，即活?！?/p>
1596年，明代的李時(shí)珍在《本草綱目》中記載用發(fā)酵糞便的上清液、新鮮糞汁和兒童糞便來(lái)治療嚴(yán)重腹瀉、發(fā)熱、腹痛、嘔吐及便秘。
2013年，美國(guó)食品和藥品管理局（FDA）規(guī)定將腸菌移植納入研究型新藥管理，同時(shí)腸菌移植被列入美國(guó)臨床醫(yī)學(xué)指南，并入選當(dāng)年美國(guó)時(shí)代雜志“世界十大醫(yī)學(xué)突破”。截至2020年12月17日，美國(guó)臨床試驗(yàn)數(shù)據(jù)庫(kù)網(wǎng)站https://www.clinicaltrials.gov顯示的腸菌移植（FMT）治療各種疾病的注冊(cè)臨床試驗(yàn)達(dá)到了303項(xiàng)。
2013年11月，中央電視臺(tái)首次對(duì)我國(guó)成功運(yùn)用FMT技術(shù)成功治療疾病的案例進(jìn)行了報(bào)道。我國(guó)目前已有江蘇、安徽、四川、廣東、山東、山西、上海、河南等多個(gè)省份將FMT作為醫(yī)療服務(wù)列入醫(yī)療收費(fèi)目錄。
